1- عدم توجه به نقش مردم در توسعه
تجربه کشور در توسعه مناطق مختلف کشور نشان داده است که عموما بی توجهی به نقش مردم بومی مناطق در برنامه های توسعه باعث تشدید شکاف طبقاتی بین مردم و در نتیجه افزایش نارضایتی‌های عمومی می شود. اگر نگاهی به مناطقی مانند عسلویه، بندر قشم و... بیاندازیم می بینیم که پس از ایجاد طرح های ویژه در آنها(منطقه ویژه عسلویه و بندر آزاد قشم) شکاف طبقاتی در آنها بیشتر شده است و عموما حصار های این مناطق به دیوار بی عدالتی در مردم منطقه شهرت یافته است. دلیل این تشدید شکاف می تواند متفاوت باشد که از آنجمله است: افزایش قیمت زمین، تورم و بالارفتن هزینه زندگی، هجوم نیروهای متخصص غیر بومی که قاعدتا درآمدهای بالاتر و رفاه بیشتری دارند و دلایلی از این دست.

این امر هشدار جدی به برنامه ریزان و مسئولان امر را در پی دارد که برای حل این موضوع و از بین بردن این بی عدالتی عریان فکری جدی بکنند.چرا که تداوم این روند می تواند باعث ناامنی و سوء استفاده دشمنان نظام شود. برای حل این مشکل دولت باید، تمرکز برنامه های توسعه بر پتانسیل ها اقتصادی منطقه، تدوین الگوهای مشارکت مردم منطقه در فرآیند توسعه مانند صندوق های محلی توسعه، حمایت از استفاده نیروی کار بومی، ارائه مشوق برای استفاده سرمایه گذاران از شریک بومی، برنامه‌های توانمندسازی مردم منطقه و ... را سرلوحه برنامه های توسعه خود قرار دهد.

2- تعهد دولت به تصدي و اجرا
در حال حاضر به علت وجود این دیدگاه که دولت خودش باید هم سیاستگذاری و هم اجرای برنامه های توسعه را به عهده داشته باشد؛ تعداد زيادي پروژه كوچك و بزرگ نیمه تمام به علت کمبود منابع مالی و توان مدیریتی دولت در سراسر کشور وجود دارد درحالی که امروزه در دنیا مکانیزم های مختلفی وجود دارد که دولت می توانداجرای برنامه های توسعه را به بخش غیر دولتی بسپارد در عین اینکه ابزارهای حاکمیتی و سیاستی خود را نیز حفظ می کند. از جمله این مکانیزم ها توسعه گرها هستند که مشابه آن قبلا در برخی بخشها مانند مسکن به طور موفق تجربه شده است.و فقط نیاز است این مدل در سایر بخش ها نیز مورد بررسی واقع شود.

3- عوارض فرهنگي ناشي از جابجايي گسترده و سريع جمعيت
یکی از ملزومات توسعه وجود جمعیت و نیروی انسانی متخصص است که نتیجه غیر قابل انکار فرایند توسعه نیزاست. امری که می بینیم به علت بی توجهی به آن آسیب های فرهنگی جدی را بر این مناطق در حین توسعه و بعد از آن وارد می کند.
همانطور که در بالا اشاره شد عموما اجرای برنامه های توسعه منطقه ای به دلیل فقر علمی و تخصصی مناطق نیاز به تأمین نیروی انسانی متخصص از مناطق توسعه یافته تر دارد. مهاجرت این نیروها علاوه بر مشکلات ذکر شده در بند یک عوارض فرهنگی جدی را هم به دلیل تفاوت های فرهنگی یا دوری از خانواده آنها به دنبال دارد. البته عوارض فرهنگی دیگری هم وجود دارد که نیازمند توجه جدی است از جمله: عوارض ناشی از ورود تکنولوژی های جدید و پیشرفته، تغییر سطح درآمدهای مردم، تهدید برخی از مشاغل سنتی منطقه به وسیله برنامه های توسعه و....

4– نداشتن اولویت و تمرکز در برنامه هاي توسعه
یکی از مشکلات جدی برنامه ریزی توسعه در کشور ما نداشتن اولویت های مشخص و معین است. این مشکل را می توان به وضوح در اسناد بالادستی توسعه استان ها مشاهده کرد که عموما یک منطقه خاص کشور دارای مزیت های گسترده برای راه انداز ی اقتصادهای مختلف محسوب می شود؛ نتیجه آن می شود که در مناطق کشور بدليل نداشتن اولويت، امكانات در بخش‌هاي مختلف اقتصادي پخش شده و با حجم انبوه پروژه های نیمه تمام در کشور روبه رو می شویم. البته باید اذعان کرد که ساختار بیمار تصمیم گیری کشور هم بر این مشکل افزوده است مثلا دیده شده که چانه زنی های فارغ از برنامه برخی از مسئولان مناطق مانند نمایندگان مجلس برای اجرای یک برنامه خاص چقدر از بیت المال را به تاراج برده است.

5- فقدان نگاه زنجیره ای به برنامه‌های اقتصادی توسعه
امروزه در دنیا یکی از رموز بهره‌وری استفاده از هم افزایی ناشی هم جواری و نگاه‌های زنجیره ای است. در حال حاضر بسیاری از صنایع ما نیاز به نهاده‌های اولیه و همچنین فرایندهای تکمیلی برای رساندن محصولات خود به بازار مصرف دارند که صنایع لازم برای آنها نه تنها در آن منطقه بلکه گاه در کشور نیز وجود ندارد. غفلت از این امر باعث وابستگی صنایع به خارج از کشور برای تکمیل زنجیره ارزش محصولات خود و در نتیجه کاهش قدرت بازدارندگی کشور می شود. از اینرو برای استفاده از صرفه هم جواری بهتر است که زنجیره‌های اقتصادهای اصلی مناطق مورد توجه برنامه های اقتصادی مناطق قرار بگیرد.